Azali Assoumani, 57 ans, qui était soutenu par l'ancien président et toujours très populaire Ahmed Abdallah Sambi (2006-2011) obtient 40,98% des suffrages. Il devance le candidat du pouvoir, Mohamed Ali Soilihi, dit Mamadou, qui recueille 39,87% des voix. Le troisième candidat, Mouigni Baraka, gouverneur de la Grande Comore, est nettement distancé.

Azali Assoumani avait déjà dirigé les Comores au début des années 2000. Arrivé au pouvoir par un coup d'Etat en avril 1999, il avait gardé les rênes du pays et été élu président trois ans plus tard. Après les soupçons d'irrégularités au premier tour, le second tour s'est déroulé dimanche dans un climat tendu, et le retard pris par la commission électorale pour dévoiler le résultat n'a rien fait pour ramener la sérénité.

Dix-neuf des 25 candidats du premier tour avaient contesté la validité des résultats fin février et exigé que les bulletins soient recomptés, mais la Cour constitutionnelle les avaient finalement validés quelques jours plus tard. Des incidents impliquant des partisans des différents camps ont émaillé le second tour dimanche sur l'île d'Anjouan. Dans certaines localités, des partisans d'Ahmed Abdallah Sambi ont été accusés de perturber le vote. Le charismatique Ahmed Abdallah Sambi, dont le parti Juwa (Soleil) a été éliminé au premier tour, est encore très populaire sur l'île d'Anjouan, où il est né.

La campagne avait été terne et désordonnée, se résumant à un déballage d'attaques personnelles et de soupçons de corruption. A l'exception de Mamadou qui avait fait de l'énergie et de la formation professionnelle ses priorités, les programmes des candidats étaient quasiment identiques, axés sur la gratuité des soins, l'enseignement et l'amélioration des infrastructures délabrées du pays.

Ancienne colonie française de tradition musulmane sunnite, les Comores ont connu une histoire tumultueuse, jalonnée de vingt coups d'État ou tentatives depuis 1975 et contrariée par la perte de Mayotte qui alimente une querelle de souveraineté de faible intensité avec Paris.