L'empire allemand envoie pour mener cette mission à bien, le général Lothar von Trotha. Ses instructions sont des plus claires : les Hereros, combattants ou civils, femmes et enfants compris, ont le choix entre quitter le pays ou trépasser. " Moi, le grand général, j'envoie ce message au peuple héréro. A l'intérieur des frontières allemandes, chaque homme héréro avec ou sans armes, avec ou sans bétail, sera abattu ; je n'accepte aucune femme, aucun enfant ; qu'ils s'en aillent ou je laisserai mes hommes leur tirer dessus" Un ordre d'extermination qui sera étendu aux Nama en 1905.

C'est à l'occasion de cette opération d'extermination d'une ethnie entière que l'Allemagne crée pour la première fois des camps régis par un système concentrationnaire. Mise en esclavage des prisonniers et commerce de (morceaux de) cadavres à des fins "scientifiques" y sont de mise. "Dans les camps, certains détenus étaient forcés de faire bouillir les têtes (des prisonniers décédés), qui pouvaient être celles de leur famille ou de leurs amis, (...) puis de gratter les chairs avec des bouts de verre. Ils devaient les nettoyer afin que les crânes puissent être envoyés en Allemagne", relate encore l'historien Casper Erichsen. Les Allemands vont jusqu'à empoisonner les puits, l'objectif est bien d'exterminer, indistinctement ce peuple qui lui résiste.

Les opérations ont fait près de 100 000 morts selon les derniers travaux en date sur le sujet. Moins d'un cinquième de la population Herero a survécu à cette extermination scrupuleusement documentée par le régime impérial allemand.

Les descendants des victimes et des survivants demandent aujourd'hui des réparations et des excuses officielles au nom de l'Allemagne qui n'ont toujours pas été présentées.

Dans la capitale de Windhoek, un monument à la gloire des soldats colonisateurs, ceux-là même qui ont exterminé les populations herero et nama, trônait encore fièrement jusqu'en décembre 2013, date à laquelle il a été retiré de l'espace public.